杀菌消毒药剂种类较多，因氯价格便宜，杀菌效果好，并能保持较长的杀菌时间，因此目前我国及世界上大多数国家（包括美国）扔采用氯进行杀菌消毒。但氯消毒会产生一系列氯的副产物。美国、荷兰等过国于1976-1977年调查了113座城市，结果显示在生活饮用水中普遍存在有害物质THM（三卤甲烷总称，包括氯仿、二氯一溴甲烷，溴仿等）。到20世纪80年代，在水中已发现2221种微量有机物，700多种有机化合物，有190种物质被确认为对健康有不利影响。1977年美国国家癌症研究所（NCI）对饮用水中309种耐热生物活性物质进行鉴定和分类，得出23种致癌物、30种致突变物、11种促癌物及部分致畸物，称为“三致物质”。

 1975年日本大阪府对下属20个自来水厂的原水与水厂各净化处理流程中的三卤甲烷（THM）含量进行检测，表明大部分的氯仿、二氯一溴甲烷都是加氯后形成的。1980年，上海自来水公司对黄浦江原来和自来水中氯仿含量进行检测，结果是在原水中，氯仿年平均含量26/L，折点加氯（加氯量超过折点需要量）自来水中氯仿含量年水平均为80/L。是原水氯仿含量的3倍多。原因是水中含有有机物，加氯后氯与有机物反应生成THM副产物。水污染越严重，有机物含量越多，加氯量也越多，则产生的THM越多，自来水就越不安全。THM和近几年研究确认自来水中的卤乙酸，都影响人体的健康，受到国际水界的关注，人们对饮用的自来水存在着担忧。